Schweitzer stammte aus einer alemannisch-elsässischen Familie. Nach seinem Abitur 1893 studierte Albert Schweitzer an der Universität Straßburg die Fächer Theologie und Philosophie; daneben studierte er in Paris bei Charles-Marie Widor Orgel und war Mitglied der Wilhelmitana-Studentenverbindung im Schwarzburgbund.Nach seinem Studium promovierte er 1899 in Berlin im Fach Philosophie und 1901 im Fach Theologie und wurde 1902 Professor der Theologie.

Von 1905 bis 1913 studierte Albert Schweitzer Medizin in Lüttich mit dem Ziel, in Afrika (Gabun) als Missionsarzt tätig zu werden. Schweitzer schrieb 1905 die französische Ausgabe von Johann Sébastien Bach, auf die drei Jahre später 1908 seine neu verfasste deutsche Bach-Monographie folgte. 1913 folgte seine medizinische Doktorarbeit und im gleichen Jahr setzte er sein Vorhaben in die Tat um und gründete in Französisch-Äquatorialafrika (heute Gabun), am Ogooué, einem 1200 km langen Fluss der afrikanischen Westküste, das Urwaldhospital Lambaréné.

Schon ab 1914, als der Erste Weltkrieg ausbrach, wurden er und seine Frau Helene, eine Schullehrerin, als Deutsche von der französischen Armee unter Hausarrest gestellt. 1917, erschöpft von mehr als vier Jahren Arbeit und von einer Art tropischer Anämie, wurde das Ehepaar Schweitzer festgenommen, von Afrika nach Frankreich überführt und in Bordeaux, Garaison und dann St. Rémy de Provence bis Juli 1918 interniert. Diese Zeit nutzte Albert zur Entwicklung und zum Ausbau seiner Ethik der Ehrfurcht vor dem Leben. Zentral für diese Ethik ist der Satz: „Ich bin Leben, das leben will, inmitten von Leben, das leben will.“ Nach dem Krieg kamen sie 1918 ins Elsass zurück, das inzwischen Frankreich wieder angeschlossen worden war. Dort erhielt Albert Schweitzer die französische Nationalität, nahm wieder die Stelle als Vikar in St. Nikolai an und trat als Assistenzarzt in ein Straßburger Spital ein. Dank des schwedischen Bischofs Nathan Söderblom konnte Albert Schweitzer ab 1920 in Schweden Vorträge über seine Ethik der „Ehrfurcht vor dem Leben“ halten, mittels Orgelkonzerten seine Schulden bezahlen und Geld für die Rückkehr 1924 nach Afrika verdienen, um dort das Urwaldhospital auszubauen.

Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde ihm viel öffentliche Ehre zuteil. In den 1950er Jahren galt sein Einsatz dem Stop von weiteren Tests mit Atombomben. 1951 erhielt er den „Friedenspreis des Deutschen Buchhandels“. Am 10. Dezember 1953 wurde Albert Schweitzer mit dem Friedensnobelpreis bedacht. Im Jahr 1959 wurde er Ehrenbürger der Stadt Frankfurt am Main. In einem für Europäer kaum erträglichen Klima setzte sich Schweitzer bis zu seinem Tod den Anstrengungen der ärztlichen Tätigkeit aus, ohne dabei seine kulturphilosophischen Studien zu vernachlässigen.